Jätehuolto koostuu kahdesta eri osa-alueesta: ei-valvonta-alueen ja valvonta-alueen jätehuollosta. Valvonta-alueen ulkopuolella syntyvä jäte voidaan käsitellä tavanomaisen teollisuuslaitoksen jätteiden tapaan. Kaikki valvonta-alueella syntyvät jätteet käsitellään radioaktiivisena.
Vuonna 2020 voimalaitoksen kokonaisjätemäärä oli 1 350 tonnia, josta tavanomaisen jätteen osuus oli 96 prosenttia.
Valvonta-alueella syntyvät jätteet lajitellaan karkeasti kolmeen osaan: matala-aktiiviset jätteet (huoltojätteet), keskiaktiiviset jätteet (nestemäinen jäte) ja korkea-aktiivinen jäte (käytetty polttoaine). Huoltojätteet vapautetaan valvonnasta ei-aktiivisena tavanomaisen jätehuollon piiriin tai loppusijoitetaan voimalaitosalueella 110 metrin syvyydessä sijaitsevaan loppusijoitustilaan. Myös nestemäiset kiinteytetyt jätteet loppusijoitetaan loppusijoitustilaan.
Tehokkaan lajittelun ja pakkaamisen ansiosta vuonna 2020 huoltojätettä meni loppusijoitukseen pieni osuus. Nestemäinen jäte puhdistetaan, ja johdetaan mereen, tai varastoidaan, kiinteytetään betoniin ja loppusijoitetaan. Käytetty polttoaine varastoidaan odottamaan loppusijoitusta Eurajoelle.